超翔竜メガギラス
ゴジラ×メガギラス G消滅作戦(2000)
身長：50m
体重：1万2千t

1匹だけメガニューラへ変態しないまま水没した渋谷の湖底深くに眠り巨大メガヌロンへ、ゴジラのｴﾈﾙｷﾞｰを吸収した全メガニューラが自らの命と引き換えにｴﾈﾙｷﾞｰを供給し怪獣化。
メガニューラの生態の特徴でメガギラスは周囲の敵を倒しテリトリーを広げる習性があるため邪魔なゴジラを倒すべく襲いかかる。
飛行中は羽根で飛んでいるようには見えないほどの挙動で瞬間移動したように見えるためゴジラも翻弄。
羽根を高速ですり合わせ発生させる高周波、両手の鋏、針のついた尻尾が武器。尻尾の針は相手に突き刺しｴﾈﾙｷﾞｰを吸収。ゴジラの熱線の放射を止め吸収したｴﾈﾙｷﾞｰを光球として撃ち出す。
お台場のフジテレビ本社に隣接する空中庭園ビルの前でゴジラと闘う。
高速移動や飛行能力でゴジラを翻弄し熱線も俊敏な動きで回避。ゴジラの鋭利な背びれで左手を切断されハイジャンプからボディプレスなどの反撃を受け優勢に戦いを進めゴジラの頭部に尻尾の針を突き刺そうとし噛み砕かれ形勢逆転。尻尾の針を失い弱体化し逃げようとしゴジラの熱線の直撃を2回受け空中で炎上し落下し爆死

怪獣王ゴジラ
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
身長：60m
体重：3万t

古代の恐竜が水爆で怪獣化。50年前に一度出現し東京を襲撃し未知の毒化合物で倒された。
太平洋戦争で亡くなった人たちの魂が宿り戦争を忘れた人々を襲う。
焼津港から日本に上陸。婆羅護吽・最珠羅・魏怒羅を次々に倒す。
護国三聖獣のｴﾈﾙｷﾞｰで動きを封じられ体内に侵入したさつまが放ったD-03削岩弾が体を貫通し放射熱線が噴出し爆発

護国三聖獣・海の神 最珠羅
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
体長：24m
体重：1万5千t

護国三聖獣の海の神。池田湖で幼虫から成虫へ成長しゴジラの元へ向かった。
体から毒針発射。
横浜で魏怒羅と共にゴジラと戦い放射熱線で粒子と化した。
粒子を魏怒羅が吸収し完全体（千年竜王）となった

護国三聖獣・天の神 魏怒羅
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
身長：50m
体重：2万5千t

ヤマト聖獣の中で最強。ヤマタノオロチの原型。
成長が遅く完全体になるため1万年の眠りが必要だがゴジラ出現のため不完全のまま2千年で目覚めた。
横浜でゴジラと戦い敗れゴジラに殺された最珠羅のｴﾈﾙｷﾞｰを受け完全体(千年竜王)となり復活。
完全体時は翼が生え鳴き声も変わる。体の周囲にﾊﾞﾘｱを張りﾊﾞﾘｱに受けた相手の攻撃を跳ね返す。口から引力光線を発射。
横浜沖でゴジラと戦い引力光線を吸収したゴジラの放射熱線を受け爆発、絶命。
霊魂となって他のヤマト聖獣と共にゴジラに取り憑き動きを封じる

護国三聖獣・地の神 婆羅護吽
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
身長：30m
体重：1万t

護国三聖獣の地の神。狛犬の原型。
地中を進む。ジャンプや噛み付く攻撃を行う。
大田切トンネルで暴走族を襲撃し御殿場で地上に出現。大湧谷へ向かいゴジラと戦い放射熱線を受け爆発。
魏怒羅を倒され横浜沖でゴジラに憑いてゴジラの動きを止めた

怪獣王ゴジラ
ゴジラ×メカゴジラ(2002)
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：55m
体重：2万5千t

1954年に出現したゴジラと同種で特生自衛隊の組織後に初めて出現。
1999年に房総半島に上陸し千葉県館山市を中心に破壊し太平洋に姿を消し2003年に再び出現し3式機龍と戦う。
八景島に出現し機龍と初遭遇。攻撃を受け咆哮が初代ゴジラのDNAに干渉し機龍は一時オペレーション不能となり暴走。機龍が暴走するまえに攻撃を加えず海へ去る。
東京に上陸し品川周辺で機龍と交戦。肉弾戦を繰り広げ尾を持たれ振り回され機龍が捨て身で放ったアブソリュート・ゼロで氷漬けにされ胸に傷を負い戦意喪失し太平洋へ去り痛み分け。
2004年、中央太平洋に潜伏し機龍に使用される初代ゴジラの骨を求め東京・品川埠頭に再上陸。
胸部に1年前のアブソリュート・ゼロで受けた傷が残ることから同個体と判明。傷が弱点となり機龍から集中攻撃。
港区から東京タワー近辺で成虫モスラと戦い鱗粉に苦しむも足を引きちぎり熱線で倒す。
機龍と国会議事堂周辺で肉弾戦を繰り広げスパイラルクロウで体を貫かれ怯み幼虫モスラの糸で絡め取られ動けず戦意喪失し倒れる。
自我を持った機龍に抱えられ日本海溝に沈む

多目的戦闘システム3式機龍
ゴジラ×メカゴジラ(2002)
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：60m
体重：3万6千t（高機動型）、4万t（重武装型）

特生自衛隊が東京湾から引き揚げたゴジラ（初代）の骨をベースに開発。
専用輸送機しらさぎからの遠隔操縦によりコントロール。
駆動可能時間は約2時間で、しらさぎを経由しマイクロウェーブでｴﾈﾙｷﾞｰ供給を受ける。
重武装型からバックユニットを切り離し高機動型となって格闘戦も可能

大ガメ怪獣カメーバ
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：20m
体重：2万8千t

頸部に「巨大な爪で引っかいた」傷跡のある死骸が九十九里浜の海岸に打ち上げられる

巨蛾モスラ
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：36m
体重：1万2千t

初代モスラの子孫。
成虫は小笠原諸島の曾孫島で卵を生んだあと中條信一の別荘のある軽井沢に向かう。
機龍に代わりゴジラと戦う。鱗粉及び脚による引っかき攻撃でゴジラを苦しめゴジラに右前足を食いちぎられる。援護にやってきた自身の子である2体の幼虫を庇いゴジラの熱線に敗れる。
2体の幼虫は機龍と共にゴジラと戦い機龍のスパイラルクロウで体を貫かれ怯みゴジラを糸で絡め動きを止める。機龍が身動きのとれないゴジラと共に海に沈み幼虫はインファント島に帰る