宇宙斬鉄怪獣ディノゾール
ウルトラマンメビウス(2006)第1話『運命の出逢い』、第4話『傷だらけの絆』、第5話『逆転のシュート』、第11話『母の奇跡』
身長：77m
体重：5万t

25年間も怪獣が現れなかった地球にボガールに呼び寄せられ襲来。
メタリックブルーの強固な「外骨格」に覆われた体は地球の兵器による攻撃を一切寄せ付けない。
本来は宇宙空間で少ない水素分子を集めるため使う鋭い鞭状の舌を目に見えない速さで振り回し物体を瞬時に切断。舌の総延長は1万メートルだが直径は1オングストロームという異常な細さで視認は非常に困難。外殻の背部や体側から連続して打ち出される爆発力の高い流体焼夷弾を大量発射。2本の長い尻尾を自在に動かし敵を締め付ける。宇宙空間のみならず大気圏内の飛行能力に優れる。
迎撃した対怪獣防衛チーム「旧CREW GUYS」を全滅させ街を破壊し尽くすがメビウスのメビュームシュートを頭部に受け倒される。
第4話でホログラムとして登場。マケットミクラスの性能テストの相手役。
第5話でボガールに別個体が呼び寄せられ地球到着前にハンターナイトツルギのナイトシュートで倒される。
渡りを行う習性があり第11話でディノゾールの経路を追い大群が地球に向かう。GUYSスペーシーが配備した宇宙機雷ライトンR30マインで地球に侵入しようとした個体が倒され残った群れは進行方向を変える。機雷群を抜け地球に降り立った1匹はガンウィンガーから放たれたスペシウム弾頭弾で頭部を破壊され倒され体の極性を反転させディノゾールリバースになり蘇る

地底怪獣グドン
ウルトラマンメビウス(2006)第2話『俺達の翼』、第9話『復讐の鎧』、第27話『激闘の覇者』
身長：50m
体重：2万5千t

ドキュメントMATに記録が残るグドンの別個体。鞭状の両手で地底を掘り進む。
両手は敵と戦う際に武器として活躍。凶暴でツインテールが好物なのは同じ。
工事現場を荒らしGUYSと対決。素早い動きで鞭を振るい応戦しメビウスと対決。
自慢の鞭で反撃し片方の鞭をGUYSの攻撃で失い戦闘能力が半減しメビウムブレードを喰らい木っ端微塵に吹き飛んだ。
ボガールにより別個体が出現。因縁のツインテールと激戦を繰り広げボガールに両者とも食べられた。
GUYSの新マケット怪獣の考案会でプロトマケット怪獣の一体として候補にあがりゼットンのマケットと対戦し敗退。
マケット怪獣としての運用に関しても「活動時間の一分を地中で潰されては役に立たない」という理由でボツ

火山怪鳥バードン
ウルトラマンメビウス(2006) 第3話『ひとつきりの命』、第24話『復活のヤプール』（ホログラム）
身長：62m
体重：3万3千t

ドキュメントZATに記録が残るバードンの別個体。ボガールによって目覚めた。
頬の脇にある毒袋から毒物を分泌し嘴を突き刺し敵に注入。口から吐く火炎弾、羽ばたきによる突風攻撃などを用いて攻撃。
夜の大熊山でメビウスと対決。初代同様鋭い嘴でメビウスを倒す。
太平洋へ逃れGUYSオーシャンの攻撃を受け日本のGUYSメンバーから攻撃され再び日本へ上陸。
メビウスと対戦し火炎弾や嘴で追い込むが毒袋付近の静脈をGUYSに攻撃され弱りメビウムシュートを撃ちこまれ敗れた。
GUYSがマケット怪獣化を検討し草木を枯らす毒は環境に悪いという理由で却下

宇宙凶険怪獣ケルビム
ウルトラマンメビウス(2006) 第4話『傷だらけの絆』、第20話『総監の伝言』
身長：44m
体重：4万4千t

ボガールが呼び寄せた。翼は無いが飛行能力を持つ。GUYSでレジストコードが記録され過去に出現、遭遇記録がある。
多彩な武器を持ち接近戦で鋭い角、近距離戦で刺のついた尻尾による回転攻撃、遠距離の敵に口から吐く火球を使い分け戦況に対応。
市街地で破壊活動を行いミクラスやメビウスを翻弄し角をGUYSの攻撃で失った隙にメビウムブレードで一刀両断。
後日、第二の個体が登場。
GUYS対怪獣研究所の音響放射装置から発する誘導電波を耳の第二発声器官で支配し居合わせたアーストロンを部下のようにコントロール。
メビウスをアーストロンとの二対一の戦いで追い込むが音響放射装置が破壊されアーストロンに反抗され仲間割れ。
メビウスのメビウムナイトブレード・ブレードシュートを受け倒された

マケット怪獣ミクラス
ウルトラマンメビウス(2006) 第4話『傷だらけの絆』、第8話『戦慄の捕食者』、第9話『復讐の鎧』、第13話『風のマリナ』ほか
身長：ミクロ～40m
体重：0～2万t

GUYS隊員が実戦で使用。
アーカイブドキュメントのドキュメントUGに記録されたセブンが使用したカプセル怪獣ミクラスのデータを元に作られる。
メテオールの一種で「生物」と違う存在だがウィンダム共々、なかなか性格豊か。
格闘戦や接近戦を主体とした運用が想定され性格は初代と違い気が弱く甘えん坊。
最初のころ隊員たちに「弱そう」、「不細工」と不評で怪獣マニアのテッペイに「ミゴラス」と呼び間違えた。
初めて誕生した時コノミ隊員の姿を見た為すり込み現象として彼女に懐く

エレキミクラス

電撃を嫌うボガールの対抗策として電撃を発射できる能力をカスタマイズ。外見に変化は無い。
エレドータスとネロンガのデータを引き継ぎ放電だけでなく透明化能力も受け継ぐ。
本来エレキングのデータも使う予定だが過去にミクラスがエレキングに敗北した記憶からエレキングのデータを拒否、
データが暴発し基地のあちこちにリムエレキングが登場

岩石怪獣サドラ
ウルトラマンメビウス(2006) 第5話『逆転のシュート』、第6話『深海の二人』、第8話『戦慄の捕食者』
身長：60m
体重：2万4千t

ドキュメントMATに記録が残るサドラの同種族。ボガールの手で複数の個体が復活。
肉食性で人間を積極的に襲撃し捕食。
全身から揮発性の高い体液を分泌し瞬時に蒸発させジャミング効果も発生する濃霧を発生。
頭の角にある生物の微弱な体内電気を探知する「ロレンチーニ器官」、伸縮自在の両腕を駆使し霧の中で迷わずエサや外敵を探し戦いを有利に行う。
霧吹山に出現したサドラは登山客の家族を襲撃しGUYSと戦いボガールに捕食され別個体のサドラがボガールの手引きで東多摩ニュータウンへ出現。
メビウスとの戦いで霧隠れ戦法を駆使しGUYSやメビウスを苦戦させ突風を発生させるメテオール「ベンチレーション・ボルテクサー」の効果で霧を晴らされメビュームシュートで倒された。
直後に2匹のサドラが出現しメビウスを襲おうとし現れたハンターナイトツルギのナイトシュートで倒される

古代怪獣ツインテール
ウルトラマンメビウス(2006) 第6話『深海の二人』、第9話『復讐の鎧』
身長：45m
体重：1万5千t

ドキュメントMATに記録が残るツインテールの別個体。
海底に沈む卵にボガールが熱エネルギーを送り込み現代に誕生させ本来は水棲怪獣だったことが判明。
体上部に青白く輝く二つの三半規管があり攻撃されると体の平衡感覚を失う。
メビウスと海中で対決しガンスピーダーに三半規管を攻撃されメビウムシュートで倒された。
別個体がボガールに再生され宿敵のグドンと対戦。噛み付きや圧し掛かり攻撃で奮戦するも両者ともボガールに食べられた。
マケット怪獣化の検討で海中活動はGUYSオーシャンがいるから十分と、地上でボガールに捕食され「エサ」扱いされたからボツ

高次元捕食体ボガール
ウルトラマンメビウス(2006) 第6話『深海の二人』～第9話『復讐の鎧』
身長：47m
体重：4万7千t

様々な惑星の生物を捕食することを無上の喜びとし多数の惑星を滅ぼす。
怪獣を好み捕食。
自分の「食事」のため地球の各地で怪獣を覚醒させ宇宙から怪獣を呼び寄せた。
地球上で通常は地球人の女性に変身し行動し出現した怪獣を捕食する際に正体を現す。
狡猾な性格で食事を最優先するためセリザワ・カズヤに憑依したハンターナイトツルギとの戦闘でも形勢不利と見なせば逃走。
特殊能力は人間体への変身や異次元への移動能力、念道力、両手や体から放つ紫色の破壊光弾とサイコキネシス、伸縮自在の尻尾など。巨大な翼に見える部分は相手を捕食するための巨大な口になりメビウスすら捕食しようとした。
無敵の生命体に思えるがGUYSの分析で電撃に弱い。
ミクラスに電撃放射の能力が追加されリムエレキングが生まれるきっかけになった

健啖宇宙人ファントン星人
ウルトラマンメビウス(2006) 第7話『ファントンの落し物』、第49話『最終三部作II 絶望の暗雲』、第50話『最終三部作III 心からの言葉』
身長：2m
体重：92kg

友好的で陽気。目がカタツムリのように突き出る。
ファントン星は深刻な食糧不足に襲われ滅亡の危機。問題を解決するため食料探しの旅をしながら非常用食料「シーピン929」を開発。母星に戻る途中、ボガールにより惑星間飛行用宇宙船が故障しシーピン929を地球に落とし宇宙語による通信でGUYSに事情を説明しシーピン929を回収してもらおうとする。
解決後ツルギとボガールの名前及び目的をGUYSに伝え地球人への友情の言葉を残し去る。
ファントン星人にとって食事は神聖な儀式で食事の前に踊って神に祈る。少ない食料から得られるエネルギーを節約するため食事後は睡眠をとる。
会話に宇宙語翻訳機が使われ宇宙訛りがひどいため機械による翻訳がうまくいかずテッペイが通訳を行う。
去り際に残す言葉は「キエテ コシ キレキレテ」（「僕、君、友達」の意）。
第49話でGUYSの危機を救うためカコと共にフェニックスネストに現れ圧縮能力でインペライザーの破片を押し潰し自己修復機能を封じた。
第16話でザムシャーに地球に来たツルギの話を教えたことが彼の口から語られた

肥大糧食シーピン929
ウルトラマンメビウス(2006) 第7話『ファントンの落し物』
身長：サッカーボール程度～無限大
体重：無限大

ファントン星人が食材探しの旅をしながら開発。主成分はたんぱく質（有機窒素化合物）だが地球人の見た目は食べ物らしくない。
ボガールの攻撃で宇宙船が故障した際に地球に落ちた。
ファントン星の圧縮技術でサッカーボール程度の大きさだが摂氏10度以上の環境で8時間以上放置されると圧縮が解除。
GUYSが捜索し学校の体育倉庫内にあるのを発見するがボガールに回収容器が破壊され大気中の窒素化合物や二酸化炭素などをエネルギーにして無限に膨れボガールに横取りされそうになりメビウスが阻止しメテオール「重力偏向盤」でファントン星人の宇宙船まで送り届けられた。
自腹で地球の食事をご馳走したトリヤマ補佐官にお礼として「シーピン929一年分をお送りします」と伝言

高次元捕食体ボガールモンス
ウルトラマンメビウス(2006) 第9話『復讐の鎧』、第10話『GUYSの誇り』
身長：79m
体重：6万7千t

ボガールが突然変異。
弱点だった電撃に耐えられるなど全能力が向上しメビウスを捕食しかけた。
頭部の角状の器官から破壊光線を発射、先端が二又に分かれた尾で敵を捕らえ巨大な翼を大口のように広げ捕食。メビウスに首を絞められ泡を吹き呼吸は頭部の口で行う。
ボガールヒューマンへの擬態は見られず以前のように逃げない。
他の怪獣を捕食するたびに増幅する体内のエネルギーに引火した場合、半径100km以内が壊滅するほどの威力の大爆発を起こすため攻撃できない。
第10話でGUYSに特殊な磁場により包まれた孤島におびき寄せられメビウスのメビュームシュートとツルギのナイトシュートの斉射で倒れメビウスとツルギに襲いかかろうとするがツルギのナイトビームブレードで動きを封じられ爆散

宇宙斬鉄怪獣ディノゾールリバース
ウルトラマンメビウス(2006) 第11話『母の奇跡』
身長：77m
体重：5万t

GUYSに倒されたディノゾールが逆立ちで立ち上がり生物としての極性を反転させ復活。
尾の先端にある神経節が肥大し新たな脳幹が形成され2つの頭を持つ形態に変化。真っ逆さまになったことで推進器官による飛行能力は失われる。餌である水素分子を収集。
2つの頭から放つ2本の舌の動きは人間､メビウスでも見切ることは困難。背部からミサイルや舌でウインダムやGUYSの攻撃を完璧に防ぎメビウスも翻弄するがヒカリの参戦で形勢逆転。
舌を切断されメビュームシュートとナイトシュートを同時に受け倒される。
第21話で怪獣墓場に漂っている姿が発見

マケット怪獣ウィンダム
ウルトラマンメビウス(2006) 第11話『母の奇跡』、第14話『ひとつの道』、第20話『総監の伝言』、第27話『激闘の覇者』
身長：ミクロ～40m
体重：0～1万t

ドキュメントUGに記録されたウインダムのデータを元に作られたGUYS隊員が実戦で使用するマケット怪獣の一体。
接近戦を得意とするミクラスに対し頭部から発する光線を使った遠距離攻撃に長ける。
ウィンダム本人は結構やる気があるのか白兵戦に意欲的。
性格も素直で扱いやすい為、登場頻度は徐々に多くなり単独でインセクタスを倒した。
遠距離戦だけでなくミクラスに無い身軽さを生かしたスピーディな格闘戦に対応

魔神怪獣コダイゴンジアザー
ウルトラマンメビウス(2006) 第12話『初めてのお使い』
身長：50m
体重：3万8千t

古道具屋「寿現夢堂」の主人が大切にしていた木彫りの恵比寿像が廃棄処分を予定されたメテオール「グロテスセル」によって巨大化・怪獣化。
ジョージは「なんか商売繁盛な雰囲気の漂う敵」と評しコダイゴンより多量のグロテスセルを吸収し元が木彫り人形と思えないほどの強度と戦闘力。
武器は左手に持った釣り竿、右手に抱えた鯛が口から発射する光線弾。右手の鯛は恵比寿から独立し行動可能で「商売繁盛、商売繁盛」と鳴き宙を泳ぐように活動。
滅茶苦茶な強さでGUYS、メビウスやヒカリの攻撃も通用せず両者を大苦戦させ右足の一部が欠けてることを知らされたメビウスとヒカリが機転を利かせ隙を突き欠損箇所にメビウスのメビュームシュートとヒカリのナイトシュートを当てられ穴が開きグロテスセルが気化し元の恵比寿像に戻った