怪獣王ゴジラ
ゴジラ×メガギラスG消滅作戦(2000)
身長：55m
体重：2万5千t

1954年の映画「ゴジラ」に登場した初代ゴジラが劇中の最後にオキシジェン・デストロイヤーで抹殺されたと思われ実は生きていたとされる個体。
1966年と1996年に日本を襲撃。
前作と酷似した特徴である緑の皮膚、オレンジ色の熱線を持つ。
2001年、小笠原海溝で活動再開。奇岩島に上陸しブラックホール砲「ディメンション・タイド」に狙われメガニューラの大群に襲撃され八丈島沖に退避し東京へ上陸。お台場でメガギラスと対決｡素早い動きに苦戦し尾に噛み付き噛み千切り逃げ出そうとしたメガギラスを熱線で倒す。
ディメンション・タイドに砲撃され消滅したかに思われエンディングのあとでゴジラの生存を示唆する演出がなされる

古代ヤゴ怪虫メガヌロン
ゴジラ×メガギラス G消滅作戦(2000)
身長：2m
体重：500kg

ディメンション・タイドの実験で時空が歪みメガニューラが現代に卵を産み落とした。
メガニューラを目撃した少年が卵を持ち帰り渋谷で卵を捨てる。
卵が孵化しメガヌロンが誕生。一匹は渋谷でカップルを襲いメガニューラへ変態

古代トンボ メガニューラ
ゴジラ×メガギラス G消滅作戦(2000)
身長：5m
体重：1t

渋谷に出現した多数のメガヌロンが一斉に変態。
ｴﾈﾙｷﾞｰ目当てに大群でゴジラに戦いを挑み尻尾の針を突き刺しゴジラのｴﾈﾙｷﾞｰを吸い取る。
ディメンション・タイドの照準が妨害されゴジラとの戦いで個体数が減り発射可能になったディメンション・タイドに巻き込まれ大半が撃退。
生き残りも渋谷の水中にいた巨大メガヌロンにｴﾈﾙｷﾞｰを与え絶命

超翔竜メガギラス
ゴジラ×メガギラス G消滅作戦(2000)
身長：50m
体重：1万2千t

1匹だけメガニューラへ変態しないまま水没した渋谷の湖底深くに眠り巨大メガヌロンへ、ゴジラのｴﾈﾙｷﾞｰを吸収した全メガニューラが自らの命と引き換えにｴﾈﾙｷﾞｰを供給し怪獣化。
メガニューラの生態の特徴でメガギラスは周囲の敵を倒しテリトリーを広げる習性があるため邪魔なゴジラを倒すべく襲いかかる。
飛行中は羽根で飛んでいるようには見えないほどの挙動で瞬間移動したように見えるためゴジラも翻弄。
羽根を高速ですり合わせ発生させる高周波、両手の鋏、針のついた尻尾が武器。尻尾の針は相手に突き刺しｴﾈﾙｷﾞｰを吸収。ゴジラの熱線の放射を止め吸収したｴﾈﾙｷﾞｰを光球として撃ち出す。
お台場のフジテレビ本社に隣接する空中庭園ビルの前でゴジラと闘う。
高速移動や飛行能力でゴジラを翻弄し熱線も俊敏な動きで回避。ゴジラの鋭利な背びれで左手を切断されハイジャンプからボディプレスなどの反撃を受け優勢に戦いを進めゴジラの頭部に尻尾の針を突き刺そうとし噛み砕かれ形勢逆転。尻尾の針を失い弱体化し逃げようとしゴジラの熱線の直撃を2回受け空中で炎上し落下し爆死

怪獣王ゴジラ
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
身長：60m
体重：3万t

古代の恐竜が水爆で怪獣化。50年前に一度出現し東京を襲撃し未知の毒化合物で倒された。
太平洋戦争で亡くなった人たちの魂が宿り戦争を忘れた人々を襲う。
焼津港から日本に上陸。婆羅護吽・最珠羅・魏怒羅を次々に倒す。
護国三聖獣のｴﾈﾙｷﾞｰで動きを封じられ体内に侵入したさつまが放ったD-03削岩弾が体を貫通し放射熱線が噴出し爆発

護国三聖獣・海の神 最珠羅
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
体長：24m
体重：1万5千t

護国三聖獣の海の神。池田湖で幼虫から成虫へ成長しゴジラの元へ向かった。
体から毒針発射。
横浜で魏怒羅と共にゴジラと戦い放射熱線で粒子と化した。
粒子を魏怒羅が吸収し完全体（千年竜王）となった

護国三聖獣・天の神 魏怒羅
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
身長：50m
体重：2万5千t

ヤマト聖獣の中で最強。ヤマタノオロチの原型。
成長が遅く完全体になるため1万年の眠りが必要だがゴジラ出現のため不完全のまま2千年で目覚めた。
横浜でゴジラと戦い敗れゴジラに殺された最珠羅のｴﾈﾙｷﾞｰを受け完全体(千年竜王)となり復活。
完全体時は翼が生え鳴き声も変わる。体の周囲にﾊﾞﾘｱを張りﾊﾞﾘｱに受けた相手の攻撃を跳ね返す。口から引力光線を発射。
横浜沖でゴジラと戦い引力光線を吸収したゴジラの放射熱線を受け爆発、絶命。
霊魂となって他のヤマト聖獣と共にゴジラに取り憑き動きを封じる

護国三聖獣・地の神 婆羅護吽
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001)
身長：30m
体重：1万t

護国三聖獣の地の神。狛犬の原型。
地中を進む。ジャンプや噛み付く攻撃を行う。
大田切トンネルで暴走族を襲撃し御殿場で地上に出現。大湧谷へ向かいゴジラと戦い放射熱線を受け爆発。
魏怒羅を倒され横浜沖でゴジラに憑いてゴジラの動きを止めた

怪獣王ゴジラ
ゴジラ×メカゴジラ(2002)
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：55m
体重：2万5千t

1954年に出現したゴジラと同種で特生自衛隊の組織後に初めて出現。
1999年に房総半島に上陸し千葉県館山市を中心に破壊し太平洋に姿を消し2003年に再び出現し3式機龍と戦う。
八景島に出現し機龍と初遭遇。攻撃を受け咆哮が初代ゴジラのDNAに干渉し機龍は一時オペレーション不能となり暴走。機龍が暴走するまえに攻撃を加えず海へ去る。
東京に上陸し品川周辺で機龍と交戦。肉弾戦を繰り広げ尾を持たれ振り回され機龍が捨て身で放ったアブソリュート・ゼロで氷漬けにされ胸に傷を負い戦意喪失し太平洋へ去り痛み分け。
2004年、中央太平洋に潜伏し機龍に使用される初代ゴジラの骨を求め東京・品川埠頭に再上陸。
胸部に1年前のアブソリュート・ゼロで受けた傷が残ることから同個体と判明。傷が弱点となり機龍から集中攻撃。
港区から東京タワー近辺で成虫モスラと戦い鱗粉に苦しむも足を引きちぎり熱線で倒す。
機龍と国会議事堂周辺で肉弾戦を繰り広げスパイラルクロウで体を貫かれ怯み幼虫モスラの糸で絡め取られ動けず戦意喪失し倒れる。
自我を持った機龍に抱えられ日本海溝に沈む

多目的戦闘システム3式機龍
ゴジラ×メカゴジラ(2002)
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：60m
体重：3万6千t（高機動型）、4万t（重武装型）

特生自衛隊が東京湾から引き揚げたゴジラ（初代）の骨をベースに開発。
専用輸送機しらさぎからの遠隔操縦によりコントロール。
駆動可能時間は約2時間で、しらさぎを経由しマイクロウェーブでｴﾈﾙｷﾞｰ供給を受ける。
重武装型からバックユニットを切り離し高機動型となって格闘戦も可能

大ガメ怪獣カメーバ
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：20m
体重：2万8千t

頸部に「巨大な爪で引っかいた」傷跡のある死骸が九十九里浜の海岸に打ち上げられる

巨蛾モスラ
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：36m
体重：1万2千t

初代モスラの子孫。
成虫は小笠原諸島の曾孫島で卵を生んだあと中條信一の別荘のある軽井沢に向かう。
機龍に代わりゴジラと戦う。鱗粉及び脚による引っかき攻撃でゴジラを苦しめゴジラに右前足を食いちぎられる。援護にやってきた自身の子である2体の幼虫を庇いゴジラの熱線に敗れる。
2体の幼虫は機龍と共にゴジラと戦い機龍のスパイラルクロウで体を貫かれ怯みゴジラを糸で絡め動きを止める。機龍が身動きのとれないゴジラと共に海に沈み幼虫はインファント島に帰る

小美人
ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS(2003)
身長：21cm

43年前に中條信一ら人間の前に現われた小美人の同族。その時に小美人を救った信一を信用し機龍を破棄するよう警告に来た。見返りとしてゴジラはモスラが倒すと約束。
2人が一緒に念じプラモデル程度の物体を浮遊させる念力を使う。
右に腕輪をしているのがヒオ、左に腕輪をしているのがマナ

怪獣王ゴジラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：100m
体重：5万5千t

1954年以来、度々出現。
轟天号との戦いに敗れ南極で氷漬けになりX星人の侵略に立ち向かうため復活。
X星人が送り込む様々な怪獣を倒し轟天号に誘導され東京へ進撃。東京でカイザーギドラを倒しX星人の侵略を失敗に終わらせた。
人類に攻撃しようとしミニラの説得を受け何もせず海へ姿を消した

空の大怪獣ラドン
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：100m
体重：3万t

国連事務総長機を襲撃。
飛行の際に衝撃波が発生。
ニューヨークを襲い富士山麓でキングシーサー、アンギラスと共にゴジラに挑む。
アンギラスボールが直撃し落下しキングシーサーが蹴り飛ばしたアンギラスが直撃しダウン

伝説怪獣キングシーサー
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：100m
体重：5万t

沖縄の守護神。
格闘技が得意で体当たり、飛び上がって蹴りを入れるという技を持つ。
沖縄のコンビナートを襲撃し富士山麓でラドン、アンギラスと共にゴジラと対決。
アンギラスボールを蹴り飛ばす連携技を見せアンギラスボールがラドンに直撃しゴジラに投げ飛ばされ頭部を岩にぶつけ絶命

暴龍アンギラス
GODZILLA FINAL WARS(2004)
体長：160m
体重：6万t

体を丸め回転しながら突撃する「アンギラスボール」という技を持つ。
上海を襲撃し富士山麓でラドン、キングシーサーと共にゴジラと対決。
キングシーサーのキックでアンギラスボールを飛ばすもゴジラに当たらずラドンの方へ飛びダウン

大グモ怪獣クモンガ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
体長：60m
体重：3万t

アリゾナ州に出現。
口から黄色の糸や毒針を出す。8本の足を使いジャンプ。
必殺技は糸を蜘蛛の巣状にして相手に被せ動きを封じる。
X星人に回収されニューギニアでゴジラと対決し吐いた糸を掴まれ遥か彼方へ投げ飛ばされた

両刀怪獣カマキラス
GODZILLA FINAL WARS(2004)
体長：90m
体重：2万t

パリに出現。
両前足の鎌が武器。保護色を使い体を周囲に溶け込ませる。必殺技は鎌で敵を斬る。
パリで破壊を繰り返しX星人に回収。
真鶴でゴジラと対決｡ゴジラに襲いかかりゴジラに放り投げられ鉄塔が腹に突き刺さり絶命

大エビ怪獣エビラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
体長：100m
体重：5万t

陸上で活動。武器は左右大きさの違う鋏。
必殺技は両手の鋏攻撃。
東海地区のコンビナートに出現し暴れX星人に消滅。
東京湾でヘドラとともにゴジラに戦いを挑み陸上に吹っ飛ばされ放射火炎で焼えびにされた

公害怪獣ヘドラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：120m
体重：7万t

産業廃棄物やヘドロを吸収し成長。
硫酸ミストや目から発する赤色溶解光線が武器。
東京湾でエビラと共にゴジラに立ち向かい敗れ放射熱線を受け絶命

怪竜マンダ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
体長：300m
体重：6万t

海中に棲む。
長い胴体を巻き付け締め上げるのが得意技。
ノルマンディ海溝で新・轟天号と戦い冷線メーサー砲で凍りつきドリルで粉々

ちびっこ怪獣ミニラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：1.6～20m
体重：220kg～5千t

富士山中で猟師の左門と孫の健太に発見。
ゴジラに会うため2人とともに東京に向かう途中で徐々に成長し富士山麓でゴジラがX星人に操られたラドン、アンギラス、キングシーサーと戦い勝利する姿を見て闘争本能が刺激されリング状熱線を吐き身長20mに巨大化しゴジラと同じ熱線が吐ける。
ゴジラと人間との間に重要な役割をもつ存在として描かれゴジラがカイザーギドラを倒し人類へ矛先を向け轟天号を撃墜し健太ともに人類とゴジラの間で一触即発となった場に割って入ってゴジラの怒りを静め東京湾を渡り去る

巨蛾モスラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
体長：72m
体重：2万5千t

インファント島の守護獣。1万2千年にガイガンと戦い負ける。
羽により相手を突き飛ばす、燃えた体で体当たりという技を持つ。
ゴジラとモンスターXとの戦いの場に出現し改造ガイガンと対決。
ガイガンのチェンソーで羽を斬られ拡散光線を浴び体が燃え上がり体当たりしガイガンの息の根を止めた。
命は助かりインファント島へ帰る

巨大イグアナ ジラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：90m

俊敏。得意技はジャンプし相手に蹴り。マグロが好物。
シドニーでゴジラと対決。ゴジラの熱戦をジャンプで避けキックを繰り出そうとしジャンプし尻尾で叩き落とされオペラハウスに落下し放射熱線で爆発、絶命

サイボーグ怪獣ガイガン
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：120m
体重：6万t

X星人が操る機械と生物が合成。
1万2千年前にモスラを倒し海底でミイラ化し眠る。
武器は頭部から放つ拡散光線、両手の鎌と腹部の回転鋸。マッハ3で飛行。
地球防衛軍のドッグで目を覚まし新・轟天号を追い南極まで行くがゴジラと対決。
頭部に放射熱線を受け倒れX星人の改造で改造ガイガンとして復活

サイボーグ怪獣 改造ガイガン
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：120m
体重：6万t

ゴジラに倒されたガイガンが改造・復活。
頭部に装甲が付き両手は巨大チェンソー。胸から回転鋸を放つ。腹部のカッターは健在で頭部から放つ拡散光線は威力が増強。尻尾で相手を掴み投げ飛ばす。
X星人にモスラを退治するため送り込まれた。
拡散光線でモスラを燃やし自分が飛ばした回転鋸が戻ってきて頭部が切断。
モスラが体を燃えたまま体当たりを浴びせ爆散

宇宙超怪獣モンスターX
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：120m
体重：6万t

X星人が地球に飛ばした「妖星ゴラス」に潜む。ゴジラがゴラスを破壊すると姿を現す。
両肩に目があり全ての目から引力光線を放つ。
ゴジラに身軽な体を生かした格闘技で挑み引力光線とゴジラの熱線の一騎打ちの後カイザーギドラへ変貌

超ドラゴン宇宙怪獣カイザーギドラ
GODZILLA FINAL WARS(2004)
身長：140m
体重：10万t

モンスターXの真の姿。ゴジラと最終決戦の中、突如として変貌。
それぞれの口から反重力光線を放ち相手を宙に上げ投げ飛ばす。敵にかみつきｴﾈﾙｷﾞｰを吸い取る。
ゴジラを圧倒し新・轟天号のG粒子メーサー砲を浴び強力になったゴジラに首二つ破壊されバーニングGスパーク熱線を浴び爆散

X星人
GODZILLA FINAL WARS(2004)

地球人のミトコンドリアを狙い地球侵略を計画。
本来の星や自分たちの言語は地球人に発音しづらい名前で仮称としてX星人と名乗る。
細胞にM塩基を持つ怪獣を世界各地に送り自ら消滅させ地球の味方を装う

怪獣王ゴジラ
シン・ゴジラ
身長：118.5m
体重：9万2千t

太古の時代より生き残った深海棲の海洋生物が60年前に投棄された放射性廃棄物を大量摂取し放射能に耐性が付き突然変異と異常成長を繰り返し誕生。
アメリカのｴﾈﾙｷﾞｰ省で以前から生物の存在を把握し同国の生物調査機関に属した牧悟郎元教授が中心となって生態の研究が進められ彼の故郷である大戸島の伝承にある神の化身「呉爾羅（ごじら）」の名から「GODZILLA」という英語名が与えられた。
日本政府は「巨大不明生物」と呼称し牧の情報を入手以降は日本語訳した「ゴジラ」の通称も用いる。
身体に人間の約8倍という膨大な量の遺伝子情報が内包され爬虫類のみならず魚類や鳥類などといった他の種類に属する生物の性質も多数含まれ世代交代を経ない単一の個体であらゆる環境に対する適応進化。必要に応じ自己退化能力も有し自由に進化・退化、細胞分裂による無性生殖も可能と分析され放置すれば「自己増殖による無制限の繁殖」「有翼化しての飛行能力の獲得による世界規模のテリトリー拡大」「小型化への変異」といった危険性についても言及。
体内に生体原子炉ともいえる「熱核ｴﾈﾙｷﾞｰ変換生体器官」を持つ。生み出されるｴﾈﾙｷﾞｰは莫大で超高温の体温を保つ表皮の一部から高熱によって生じた赤い光が漏出。活動の際に未知の放射性元素を撒き散らす。細胞に元素変換を行える機能を有し体内に取り込んだ水と空気の反応だけで自身の生存に必要なｴﾈﾙｷﾞｰをすべて引き出し他の栄養素を摂取する必要が一切ないと推測され口腔は牙が不揃いで下顎に舌もなく生物の捕食に適さない。
自然界に天敵は存在せず従来の生物的常識を超越した性質は「完全生物」や「霞を食べて生きる仙人」に例えられ生物に不可避の「死」という概念すら克服。
熱ｴﾈﾙｷﾞｰの冷却に血液流による液体冷却と背びれからの放熱を用いる、後者は補助的で血液の循環に問題が発生した場合は熱の冷却が追いつかず原子炉スクラムのような状態となってｴﾈﾙｷﾞｰ生成器官の機能が停止し全身凍結。
矢口蘭堂が率いる日本政府の巨大不明生物災害対策本部（巨災対）は特性を利用し大量の血液凝固剤を直接口から注入しゴジラを封じ込める「矢口プラン」を提唱し自衛隊に実行を移すべく立案された「ヤシオリ作戦」を以てゴジラに臨んだ結果、凍結

透明人間
透明人間（1954）

戦時中、西崎博士はサイクロトロンにより「リンの放射性同位体に対する陽子の連続衝撃実験」を行った。偶然発見した粒子「ホストン」を吸収し可視光線を完全透過するようになった人間。
太平洋戦争末期、透明人間で編成される特攻隊がサイパン島で玉砕したが実は2人が生き残る。
ホストンの効果は元に戻せず透明人間化した者は死なないかぎり目視できない

雪男
獣人雪男
身長：3.5m
体重：200kg

山奥の秘境で生き長らえた獣人の末裔。閉ざされた部落からは山の主と崇められた。
少数ながら一族がいたが毒キノコにより本作に登場する雪男親子以外は全滅。
邪魔なものは殺す野蛮さ、武野や飯島を助ける優しさを持った生物。
大場の策略で捕まえられ檻に閉じ込められ輸送中に子供が殺され逆上し大場を殺害し人間への復讐に近場のチカの部落を襲いチカと共に火山の火口へ落下

怪虫メガヌロン
空の大怪獣ラドン
身長：8m
体重：1t

阿蘇山の麓にある炭鉱に出現し水没した鉱内で炭鉱夫や警察官を鋏で殺害。
当初は鉱夫仲間と諍いを起こした五郎に嫌疑がかけられ遺体で発見されメガヌロンが炭鉱住宅に出現し存在が発覚。
拳銃や機関銃で致命傷に至らない防御力で事件を起こした個体は追跡した警察官や炭鉱夫を殺害し封鎖された炭鉱へ逃亡し河村に石炭を満載したトロッコの列をぶつけられ1体が倒される。
五郎の遺体を収容中にもう1体が出現し囮となった河村に気を取られ自衛隊の機関銃による銃撃と落盤に遭う。
別の個体群が地下空洞のラドンの巣周辺で繁殖し孵化したラドンの雛に全て捕食

空の大怪獣ラドン
空の大怪獣ラドン(1956)
身長：50m
体重：1万5千t

核実験の放射能や火山ｶﾞｽによる高温化の影響で現代に復活。
阿蘇の炭坑の奥で卵から雛が誕生しメガヌロンを捕食。
成長した1頭が阿蘇山から出現し航空自衛隊のF-86戦闘機と大規模な空中戦を展開。追撃を振り切り佐世保や福岡に降り立ち大暴れ。口から煙のようなものを吐きパチンコ屋に突っ込んだタンクローリーが爆発炎上し威力は分からない。
陸空両自衛隊の猛攻で危機に陥った時もう1頭が出現し帰巣本能で阿蘇山に帰ったところ自衛隊のﾐｻｲﾙ攻撃で阿蘇山が噴火し2頭のラドンは脱出するもマグマの噴出に巻き込まれ真っ赤な溶岩の中に消える